Si en cuentas que tienes configuradas en IMAP te encuentras con que al asociar un correo a una ficha, el correo desaparece, no te preocupes. El correo no desaparece, sino que se mueve para el apartado de Adjuntos en el Historial.
Por eso, si deseas que el email se quede en la Bandeja de Entrada o Inbox no se mueva a la de asociados, debes seguir esta ruta: Configuración de la cuenta > Pestaña Opciones > Marca la opción Mover Elementos Asociados a: Asociados MN.
Esta configuración no tiene carácter retroactivo.