En las facturas erróneas tienes que compronar las cuentas contables de IVA. Para ello, vete al módulo de facturación emitida o recibida y en la rejilla activa el campo Cuenta contable IVA para revisarlo.
A continuación, con el botón derecho encima de la rejilla, pasas de izquierda a derecha el campo Mostrar/ocultar columnas.
Ten en cuenta que el grupo de cuentas contables para las Facturas Emitidas es el 477, y para las Facturas Recibidas, el 472. Si las tienes cruzadas, se actualiza en cada una de las facturas en la pestaña Conceptos > Contable/fiscal, o en el campo IVA.